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Co-Investigadores Principales

Resumen

COVID-19 sigue siendo una pandemia mundial. Es evidente que una cantidad sustancial de diseminación del virus se produce a través de infecciones no documentadas en personas asintomáticas, así como a través del contacto con casos conocidos de COVID-19. Se deben recolectar y analizar muestras comunitarias grandes y representativas para comprender la propagación de la infección y el impacto en la salud humana. Los objetivos de nuestro estudio son los siguientes: 1) comprender mejor la prevalencia a corto y largo plazo y la propagación del COVID-19 en las comunidades del este del área de la bahía a través de un estudio longitudinal; 2) examinar los resultados sociales y de salud que resultaron de la pandemia; y 3) identificar factores que afectan el riesgo de infección y / o modifican la manifestación de la enfermedad. Nuestros resultados iniciales se describen aquí.

Invitamos a más de 300,000 hogares en 12 ciudades de Este de la Bahía  a participar en el estudio mediante tarjetas postales en inglés y español enviadas por correo a todos los hogares incluidos en los registros del censo. Buscamos varios medios de alcance comunitario: contactamos a numerosas organizaciones comunitarias y alcaldes / funcionarios de la ciudad para las redes sociales; utilizamos volantes en español, Twitter y radio; creamos un sitio web y materiales de estudio en español; solicitamos la ayuda de artistas del  Este de la Bahía ; y llevamos a cabo actividades de extensión a los distritos escolares locales. Más de 16,000 personas respondieron, asignadas al azar dentro del hogar por la persona con el próximo cumpleaños, y ~14,500 completaron el cuestionario de detección. Se desarrollaron, optimizaron y prepararon kits de recolección de muestras biológicas. Se generaron y mejoraron instrucciones detalladas impresas y en video tanto en inglés como en español con los comentarios de los participantes y el personal del estudio. Luego, seleccionamos una muestra aleatoria de ~7,200 encuestados, enfatizando primero a las personas que se identificaron a sí mismas como una minoría racial o étnica, para pruebas en el hogar y recopilación de datos adicionales. De estos participantes, ~5,500 completaron el cuestionario del estudio y ~5,200 devolvieron los kits de muestras biológicas que incluían manchas de sangre seca, hisopos nasales / nasales y muestras de saliva.

Se realizó una prueba de PCR con transcriptasa inversa cuantitativa y sensible para el SARS-CoV-2, utilizando hisopos nasales con nuestro laboratorio asociado en la Universidad de Minnesota. Se realizó una prueba comercial de anticuerpos totales (Ortho Clinical Diagnostics) en las gotas de sangre seca de los participantes, luego de la optimización y validación del ensayo, en colaboración con las instalaciones de prueba de Creative Testing Solutions (Phoenix, AZ) y el Instituto de Investigación Vitalant (San Francisco, CA). Vea abajo para más información. La Ronda 1 del estudio ha finalizado y actualmente se están realizando análisis completos de los datos recopilados en la Ronda 1. Los resultados preliminares indican que en el momento de la evaluación, el 1.2% de los participantes de nuestro estudio informaron al menos dos síntomas recientes similares a los de “COVID”. Las pruebas de las bio especímenes revelaron que la prevalencia de infección viral y seropositividad en nuestra muestra de estudio durante el primer período de observación (julio-septiembre) fue baja (<1%), consistente con los niveles de seroprevalencia del banco de sangre durante el mismo período de tiempo. La Ronda 2 ha comenzado y se están enviando cuestionarios repetidos y kits de muestras biológicas a los participantes del estudio. En total, el muestreo y la recopilación de datos se repetirán durante un total de tres rondas de pruebas virales y al menos cuatro rondas de pruebas de anticuerpos, cada 8-10 semanas hasta mediados de 2021.

Otros medios relacionados

Protocolos

Detección de SARS-CoV-2

La extracción de ácido nucleico para obtener ARN viral (potencial) de los participantes del estudio se realizó en colaboración con nuestro laboratorio asociado dentro del Centro de Genómica de la Universidad de Minnesota. Brevemente, las muestras de hisopos nasales proporcionadas por los participantes del estudio en tubos de recolección con una solución estabilizadora se inactivaron primero por calor y se transfirieron a una placa de 96 pocillos para su procesamiento posterior para obtener ARN. Este ARN se utilizó como entrada para la “reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real con transcripción inversa” o RT-qPCR. RT-qPCR es una técnica que permite medir los niveles de ARN (humano o viral) en una reacción de PCR (un método de laboratorio que amplifica copias de ácidos nucleicos utilizando enzimas y cambios de temperatura) junto con visualización fluorescente para una detección rápida. En este ensayo, estamos específicamente interesados ​​en detectar genes SARs-CoV-2, lo que confirmaría que el virus está presente en la muestra de hisopado nasal del participante. Se establecieron tres reacciones RT-qPCR separadas para cada muestra de participante del estudio en una placa de 384 pocillos, y se realizó la PCR con los cebadores y sondas N1, N2 o RP (estas son secuencias recomendadas por los CDC), que se pueden encontrar en esta dirección web: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/rt-pcr-panel-primer-probes.pdf. Después de los pasos de termociclador de PCR, las curvas de amplificación para cada reacción se revisaron manualmente y los resultados se interpretaron para determinar si había evidencia de infección por coronavirus para cada participante. Se eligió este ensayo porque es un método sensible y específico para medir el ARN viral; además, es automatizado y de alto rendimiento.

Prueba de anticuerpos

La prueba de anticuerpos, también conocida como serología, se realizó utilizando muestras de sangre seca proporcionadas por los participantes del estudio. Nos asociamos con Ortho Clinical Diagnostics y Creative Testing Solutions, un laboratorio de pruebas de donantes de sangre sin fines de lucro, para realizar la ronda inicial de serología, debido a las restricciones relacionadas con COVID en los laboratorios de UC Berkeley. Se evaluó la calidad de los DBS proporcionados como parte del estudio y luego se seleccionaron para su análisis. Dos de los discos de DBS de cada participante se hidrataron, donde fueron sumergidos en una solución de reconstitución y se procesaron para su análisis en la prueba Ortho VITROS® Anti-SARS-CoV-2 Total, que detecta anticuerpos contra la proteína de pico del SARS-CoV-2. La detección de anticuerpos que reconocen las proteínas pico del SARS-CoV-2 indica que un individuo fue previamente infectado por el SARS-CoV-2. Se seleccionó esta prueba de anticuerpos VITROS® porque es sensible, específica y mide los anticuerpos persistentes; Además, es automatizado y de alto rendimiento, lo que reduce el error humano y nos permite procesar la gran cantidad de muestras en este estudio. Se consideró que las muestras con un valor de corte superior a 1 reflejaban una infección previa por SARS-CoV-2. Sin embargo, debido al pequeño volumen de sangre recolectado en el DBS y debido a la disminución de anticuerpos contra el SARS-CoV-2 en la sangre con el tiempo, un resultado negativo NO significa que una persona no haya sido infectada en el pasado.

La prueba VITROS® Anti-SARS-CoV-2 Total funciona al detectar la capacidad de los anticuerpos en la sangre para unirse a la proteína pico del SARS-CoV-2. La proteína de la punta se fija a un micropocillo y se agrega la solución de DBS reconstituida. Los anticuerpos que reconocen la proteína de pico del SARS-CoV-2 se unirán y la presencia del anticuerpo unido se detectará mediante una reacción química que produce luz. La cantidad de luz producida es proporcional a la cantidad de anticuerpo unido al micropocillo y se convierte en una puntuación numérica. Se considera que las muestras que tienen una puntuación numérica superior a 1 tienen anticuerpos contra el SARS-CoV-2 y, por lo tanto, reflejan una infección previa con el virus. La prueba VITROS® Anti-SARS-CoV-2 Total recibió una Autorización de uso de emergencia (EUA) de la FDA para suero / plasma. Como parte del estudio, se realizó un proceso separado de optimización y validación para DBS utilizando esta prueba.

Expresiones de gratitud:

  • UC Berkeley School of Public Health
  • Laboratorio Barcellos: Lisa Barcellos (Principal Investigator), Mary Horton, Hong Quach, Diana Quach, Xiaorong Shao, Indro Fedrigo, Cameron Adams, Ella Parsons, Jordan Keen, Yusef Seymens, Luis Lopez, Abigail Broughton, Joan Shim, Janine Solomon, Jose Salinas, Kevin Duong, Joseph Egbunikeokye
    • Además, un gran grupo de increíbles voluntarios universitarios de UC Berkeley en el Laboratorio Barcellos han contribuido significativamente al ensamblaje, control de calidad, envío y recepción de los muchos miles de kits de muestras biológicas en el hogar utilizados en el estudio hasta la fecha. Son: Lila Krop, Kelly Lam, Yan Zhang, Sarah Folkmanis, Sophie Zhai, Dingjun Chen, Ruben Vargas Ethan Garcia, Oliver Li, Manisha Sahoo, Raina Walencewicz, Sophia Wang, Antonia, Gibbs Amrita Ramanathan, Catherine Livelo, Taylor Worley, Amanda Tanaka, Savinnie Ho, Jane Liu Ryan Allen, Sofia Soltero, Victoria Van Metter, Madeleine Fraix, Allie Coyne, Subeksh Sharma Lydia Yu, Shreeya, Garg Sanjeet Paluru, Malika Saxena, Talia Panadero
  • Laboratorio Harris: Eva Harris (Principal Investigator), Josefina Coloma, Marcus Wong, Magelda Montoya, Michelle Meas, Samantha Hernandez, Colin Warnes, José Victor Zambrana, Nicholas Lo, Parnal Narvekar, Fausto Bustos, Gregorio Dias, Reinaldo Mercado-Hernandez, Julia Huffaker, Raymond Montes, Alexandra Zermeno, Alejandra Zeiger
  • Joseph Lewnard
  • Nick Jewell
  • William Dow
  • University of Minnesota Genomics Center: Kenny Beckman, Dinesha Walek, Evan Forsberg, Darrell Johnson, Benjamin Auch, Jerry Daniel Veronica Tonnell, Ji Hyun (Jay) Kim, Mary Nieuwenhuis
  • Creative Testing Solutions: Valerie Green, Sherri Cyrus, Phillip Willamson
  • Ortho Clinical Diagnostics: Brett Hirsch, Paul Contestable
  • Vitalant, San Francisco: Mars Stone, Michael Busch
  • Fondos: Open Philanthropy; Fast Grants, Mercatus Center; UC Berkeley Innovative Genomics Institute; UC Berkeley School of Public Health; UC San Francisco
  • UC San Francisco Biohub
  • Emily Ahlvin, Emily Designs
  • Modern Postcard, San Francisco
  • Favianna Rodriquez, Oakland